RDF求解代码示范（MDAnalysis）

import MDAnalysis as mda from MDAnalysis.analysis import rdf import matplotlib.pyplot as plt import ...

”AuToFF+Packmol+Moltemplate+LAMMPS+MDAnalysis“在MSL2 Linux环境的安装与模拟案例—以求溶液中离子的RDF-OW为例

系统：windows 11 时间：20260524 1. 软件的安装 1.1 傻瓜式安装 推荐的方式，相比于详细版后续又加入了许多新特性，后面也不打算维护详细版了。傻瓜式唯一需要动手的是安装WSL-D...

Mean Square Displacement (MSD)分析代码示例

备注：基于LAMMPS的data+strj文件+Python MDAnalysis 代码示例： import MDAnalysis as mda from MDAnalysis.analysis im...

一些感悟

任何违背时代的发展的行为最终都会被历史的洪流淹没。 任何国家，任何地方，不分种族，生活富足，安居乐业是人民永恒的主题。 谁是我们的朋友，谁是我们的敌人，这一点要分清楚。 新中国成立快100年了，君君臣...

LAMMPS in文件范例

units real # timestep 1 fs boundary p p p atom_style full bond_styl...

MD常用命令总结

Linux 多条工作排队运行（适合已确定能跑的情况，节约时间用，不然有时候半夜第一条跑完了，只能第二天早上再续，空出来很长一段时间浪费掉了~），用&&连接命令即可实现，如： mpirun -np 8 ...

认识动植物

从资本主义走向共产主义

有限差分法(FDM)和有限元法(FEM)

有限差分法: Finite Difference Method, FDM 有限元法: Finite Element Method, FEM 计算流体力学: Computational Fluid Dy...

TOC测试(E8-5楼 ChBE-NUS)

TOC 开气； 开TOC机器； 开电脑； 点file打开之前的，另存为； 复制已经completed的，粘贴在下面，再删除之前的； 点connet； 需要预热20分钟左右，期间点蛋糕样，点号数，放样品...